O designer de The Legend of Zelda: Skyward Sword, Eiji Aonuma, decidiu ajudar os fãs e revelou um pouco sobre o enredo do misterioso game, que até agora teve pouquíssimos detalhes revelados. Segundo Aonuma, o novo jogo da série terá várias diferenças em relação aos títulos anteriores, mas várias semelhanças também existirão.
Em tom de brincadeira, o designer afirmou que a trama se parece muito com um drama escolar. Segundo ele, a cena de voo exibida na E3 mostra Link competindo com seus colegas de classe. Entre as características que tornam o game semelhante aos períodos de colegial, há o estereótipo do personagem malvado que aparece para atrapalhar a vida do herói ao mesmo tempo em que alimenta algum tipo de sentimento pela mocinha.
Ainda sobre Zelda, Aonuma afirmou que ela não será uma princesa dessa vez. Embora ele não tenha detalhado muito essa questão, o designer afirmou que a personagem será uma amiga de infância do protagonista e que desaparece a partir da metade da trama, obrigando Link a procurá-la.
Além disso, ele explicou que o enredo começará em Skyloft, uma cidade flutuante e que servirá como ponto central da história, pois será preciso retornar várias vezes ao local. De acordo com o Aonuma, o dinamismo do lugar foi inspirado em Majora’s Mask, principalmente na existência de missões ocorrendo em várias partes do cenário.